1、最最重要的，确定自己的目标（艺术目标或商业目标）和实现目标的方式。
方向不对，努力白费。如果你是船长，你不知道自己的航向和目的地，那么海风无论吹向何处，都只会让你沮丧。
营业执照，人员，场地……一切的一切，都要依据你的目标来设计。如果你只是业余爱好者，想用RPGMaker等简单的工具，去实践自己对游戏的一些想法，不指望游戏盈利，那么你根本没必要组织10人的工作室，对吗？繁殖，如果你是从业多年的行业精英，对市场有着独到的见解，管理能力和人脉都足够，你想要的是中流击水浪遏飞舟，那3~5个人的小团队根本不能满足你的目标。
所以，你首先要准备的，是目标，一个清晰可行的目标。
2、对目标进行细化
有了目标之后，你要对目标进行细化，使之明确清晰，否则这个目标就不能执行。
举例而言，“我要做游戏”这是一个方向，但不是一个明确清晰可行的目标，你要做什么类型的游戏？是盈利的还是非盈利的？发布于哪些平台？主要目标用户是哪些人？我如何吸引用户、宣传我的产品？我准备为这款游戏投入多少资源？（这里说的资源，除了钱，还有你的时间，人脉等等）…… 只有当你准备好这些问题的答案，你才能有针对性的去设计你的工作室。
当然，您身家过亿，网络巨V，一呼百应，资源无限……那您可以随便，当我没说。
3、设计项目（俗称立项）
有了明确可行的目标之后，你需要开始设计你的项目。没有项目的工作室是耍流氓，没有作品的独立游戏开发团队仅仅是策划、程序员、美术等人员的组合。
立项要点有二，一是项目尽可能符合我的目标（商业或艺术目标），二是项目可行度高。这两项都可以计算一个参考比率，比率越高越好。比率越低意味着风险越大。
限于篇幅，有关游戏项目的立项就不在此展开论述了，题主有兴趣可以走访一些企业，和业内老兵聊聊。
4、根据项目，设计你的工作室构架
首先从人员构架开始。我这个项目需要多少种岗位，每种岗位要求的最低水平是怎样的——如果你资源足够多，则把“最低水平”改为“最高水平”
请注意，你的人员设计跟你能够掌握的人力资源也直接相关。
举例而言，我在前一家公司工作时，老板决定做1个简单的小游戏试水某个平台，项目规划好之后我们发现只需要3种岗位：
一是策划兼职项目管理，负责提出需求并跟踪开发进度，
二是美术，负责可视化设计和提供美术资源，
三是程序员，负责实现需求。
现在我们知道我们需要这三种人，那么每种需要几个呢？
首先，由于游戏的设计很简单，所以老板可以自己兼职策划。项目规模不大，时间够用，老板本身也有技术功底，所以老板和主程分担项目管理工作，掌握好进度。
然后，美术，算来算去，也就只需要一个。但由于我们还要开其他项目，所以不能兼职。那么就雇一个专职的，不愿意加班但是有经验的美术来吧。
程序，我们发现可以招募到性价比合适的全栈，那么他一个人就够了。
最后，这个项目两个月出来，靠广告费收入还可以，可惜后来那平台没流量了……
从这个小案例你不难看出，人员构架取决于你的项目，人员数量和价格，则取决于性价比。当然，如果我资源无限多，我也倾向于为各个岗位配置水平顶尖的团队成员，但我相信大多数中小团队都没这个能力。
人员配置是最重要的的，也是最先要设计好的，决定了人员配置之后，你才能根据人员情况去设计工作室的组织结构。
组织结构包括但不限于：场地，营业执照，待遇，项目版号（如果需要）。
场地和营业执照都不细说了，百度一下就有。
版号，其实一点都不难办——但是，仅当你的项目面向国内市场，需要版号才办理。比如你的项目是一个打算发布于steam的英文射击游戏，那你至少不需要第一时间去办理国内版号，对吧。再比如，你的项目是打算仅发布于dmm的日文小黄油，根本没打算在国内发售，那你要版号做什么呢？
综上所述，我们可以看到，在开设一家独立游戏工作室的时候，最需要准备的是你的目标和项目。没有清晰明确的目标，没有设计好的项目，你根本不知道你要什么样的工作室，要工作室来做什么。
有人说，资源（包括钱）才是最重要的。我同意。如果您当前账户的余额，都不足以在保障自己生活水平的同时支付一些开发所需，那就请不要开工作室办公司了，害人害己。
既然说到了钱这里，那么我们就来讲讲题主的第二个问题，有哪些一定不能踩的坑：
1、不能没钱。
活都活不下去开发个毛的游戏！人总是要恰饭的嘛。你可能缺少资金，但你不能饭都吃不上吧，缺少资金你可以自己吃苦，学技术偷美术资源，做出demo去找投资，但饭都吃不上，网都给你停了，电都没了，拿爱开发游戏吗？
如果你组建了自己的工作室，你对你的同伴们负有责任，应当保障他们拿到符合自己预期收入，如果你遇到瓶颈，希望给同伴们降薪，甚至无薪情况下坚持工作，你应当告诉同伴们事情，并承诺一个坚持无薪工作的时间表，到了什么时候还不能看见成果就果断解散。同时，在这种情况下你应当努力去寻求投资，也要理解伙伴们为了生计提前寻找新东家的行动。
2、不要雇佣头衔闪闪发光，履历超级精彩，能说会道，不懂程序也不懂美术连个ppt都懒得做，什么作品都没有却自称“独立游戏制作人”的高端人士。
这种高端人士并不是没有用。他们有用，而且可能有大用，用来装点公司门面，拉投资，做商务，陪加班，怼程序美术……但是，他们成功的项目经验，很有可能来自于过往行业兴盛时期，那时候市场条件好，自充值虚构业绩也容易做，他们不适合做独立游戏——除非您想做的独立游戏项目是“照抄贪玩蓝月”
话说回来，就算你想抄贪玩蓝月，你对人员的评价也应该是基于既往可量化的工作经验，比如这个人写过多少代码，参与过多少项目，有哪些自己主导的开源项目在github上被广受好评……而不是这个人吹牛多屌，简历多好看，香水味道多好闻……毕竟你要组建的是“独立游戏工作室”又不是小鲜肉流量团队。
3、不要指望没有宣传的游戏能大红大紫
酒香也怕巷子深，红颜空老小山村。不推广就没有流量，没有流量就没有人知道你。这是铁则。所以题主说不拉投资行不行，答案是，刚开始也许可以，想发展壮大，绝对不行。你要知道投资不仅仅包括金钱，更重要的是把投资人的人脉、甚至直接的宣发资源给你使用，这是对团队成长非常大的帮助，甚至在某些时刻，他们的作用远大于金钱投资。
4、不存在“不迎合市场”的游戏产品，不要给自己挖坑
就算你说“我只做给自己玩”“我做这，自己开心就行了”你也是在迎合市场，这个市场只有你一个人，你也是在迎合用户，这里的用户就只有你。你想表达自我，你的需求也要细化拆分，也要设计技术解决方案，也要拿到美术资源……
你囊中多金又慷慨大方，你想雇卡马克来做你自己喜欢的游戏，当然可以。但是若你并没有富甲一方的财力物力，甚至下个月工资都发不出的时候，你跟团队说：我坚决不迎合市场，我只想要表达自我！
团队会问：你是谁？
压力是很现实的，创业者可以不娶妻不生子，不买房不买车，不养老不养小，团队成员呢？甚至都算不上合作伙伴的普通员工呢？当你的项目不能赚钱，当你发的工资不足以让他们养家糊口，当你连社保和公积金的钱都拿不出，他们还会支持你“不迎合市场”？在同等甚至更好待遇的诱惑下，你猜他们会去企鹅网易37万996，还是会跟你一起死拼到底？
创业者可以坑自己，但不要坑别人。如果你的项目从立项之日起就不打算赚钱，那老老实实跟团队说清楚：我这个就是特立独行不赚钱的游戏，你们爱干就干。不要一开始画个巨大的饼骗了三五好友进来，最后连画饼的纸和笔都买不起，人生在世，俯仰无愧天地，褒贬自有春秋。
不要给自己挖坑，更不要给自己挖坑之后领着大家一起跳。
走自己的路，让别人无路可走，这是枭雄。
自己无路可走，带着大家一起无路可走，这是无能。
那年，有个人叫孔融，他很清高，他很特立独行，他不迎合当时污浊混乱的世界。还有个人，叫曹操，他很有权谋，他有胆识、有魄力，也很狡猾。那你看，这两个人都去当老板，你更愿意给谁打工？朱元璋和张士诚，你愿意跟谁？封王拜相和路边饿殍，你选择哪种命运？
扯远了。
以上四条是开工作室前期应当避免踩下去的坑，
下面说一个开发过程中常见的坑：
5、小规模团队协作，不要频繁进行大规模的需求变动
你可以花更长的时间去设计和规划，但不要今天早上一上班就推翻昨晚23:00才做好的计划或需求，小团队不比大公司，频繁的大规模需求变动会导致你的团队筋疲力尽，灰心沮丧，工作效率低下。最后项目流产。
这里有一个问题，我们都知道在一个项目中，需求从头到尾丝毫不变，那是不可能的，那么，怎样的需求变动叫做“大规模“的？怎样的更改频率算是“频繁”？对不起，限于篇幅这里先不细说。有空时我会写一篇关于游戏项目的专门文章。
最后，独立游戏开发，乃至于任何一个项目的开发，踩坑是一定的，把所有可能的坑全部预想到是不可能的。
踩坑不要怕，只要心宽大。逢山便开路，遇水要架桥。